Do Polskiego Rejestru Wrodzonych Wad Rozwojowych zgłaszane są dzieci, u których w okresie od urodzenia do ukończenia 2. roku życia rozpoznano wadę rozwojową, a także dzieci z wadą rozwojową/wadami rozwojowymi martwo urodzone i niezdolne do życia oraz te, u których wadę rozpoznano prenatalnie. Zgłoszenie wady następuje na formularzu zgłoszenia do Rejestru (formularze dostępne na stronie Rejestru) lub elektronicznie za pośrednictwem strony internetowej Rejestru. Zgłoszenia pochodzą z oddziałów noworodkowych, dziecięcych, położniczo-ginekologicznych, poradni dziecięcych i specjalistycznych, praktyk lekarza rodzinnego, zakładów genetyki i poradni genetycznych oraz zakładów patomorfologii. Zgłaszanie dzieci  z wrodzonymi wadami rozwojowymi do PRWWR jest zarezerwowane dla lekarzy posiadających prawo wykonywania zawodu na terenie Rzeczypospolitej Polskiej.
Polski Rejestr Wrodzonych Wad Rozwojowych w 2005 roku wprowadził alternatywną metodę zgłaszania wad u dzieci do PRWWR - Elektroniczną Rejestrację Wad. W przeciwieństwie do systemu tradycyjnego, po wysłaniu zgłoszenia dziecka do PRWWR drogą elektroniczną i jego akceptacji przez lekarza, większość danych zawartych w formularzu zapisywanych jest automatycznie w bazie PRWWR, bez konieczności przepisywania informacji z formularza. Wymaga to wcześniejszej jednorazowej rejestracji lekarza w Systemie Elektronicznej Rejestracji Wad. W toku rejestracji, lekarz wybiera dla siebie niepowtarzalną nazwę użytkownika (login) oraz hasło dostępu do Systemu. Za pomocą loginu i hasła będzie się odtąd logował w systemie, chcąc zgłosić dziecko do PRWWR. Dostęp do strony rejestracji nowego użytkownika oraz zgłaszania wad do PRWWR możliwy jest jedynie z internetowej strony Polskiego Rejestru Wrodzonych Wad Rozwojowych.
W 2005 roku rozpoczęto gromadzenie danych dotyczących grupy kontrolnej (noworodki bez wad rozwojowych), która jest niezbędna dla niektórych badań epidemiologicznych i etiologicznych.