Polski Rejestr Wrodzonych Wad Rozwojowych został wprowadzony 1 kwietnia 1997r. W latach 1997-2000 był to projekt zamawiany przez Ministra Zdrowia i Opieki Społecznej, finansowany przez Komitet Badań Naukowych. Od 1.07.2000 r. PRWWR był częścią programu profilaktycznego Ministerstwa Zdrowia pt. "Program Monitorowania i Poprawy Pierwotnej Profilaktyki Wrodzonych Wad Rozwojowych w Polsce". Natomiast od 01.01.2009 do 31.12.2010 PRWWR realizował zadania w ramach „Programu kompleksowej diagnostyki i terapii wewnątrzmacicznej w profilaktyce następstw i powikłań wad rozwojowych i chorób płodu - jako element poprawy stanu zdrowia płodów i noworodków na lata 2009-2010”. W roku 2010, 2013-2014, 2016-2019 na funkcjonowanie Rejestru otrzymano środki finansowe z Centrum Systemów Informacyjnych Ochrony Zdrowia.

Zgłaszanie wrodzonych wad rozwojowych do Polskiego Rejestru Wrodzonych Wad Rozwojowych (PRWWR) jest obowiązkowe na podstawie Rozporządzenia Ministra Zdrowia z dnia 12 czerwca 2018 r. w sprawie Polskiego Rejestru Wrodzonych Wad Rozwojowych.

PRWWR wyrósł z doświadczeń wielu rejestrów lokalnych prowadzonych w Polsce w ciągu kilkudziesięciu lat okresu powojennego. Były to w większości przypadków rejestry niewielkie, obejmujące populację o liczebności od kilku do kilkunastu tysięcy urodzeń rocznie. Rejestry obejmowały niektóre województwa lub wybrane rejony poszczególnych województw. Zazwyczaj nie były to rejestry oparte na populacji (tj. wg miejsca zamieszkania matki dziecka z wadami), a jedynie rejestry wad u dzieci urodzonych w danym szpitalu lub klinice.

Prowadzenie lokalnych rejestrów wad rozwojowych dostarczyło wprawdzie informacji o częstości i rodzajach wrodzonych wad rozwojowych, nie pozwoliło jednak na zidentyfikowanie ewentualnych regionów o podwyższonym zagrożeniu populacji występowania wad rozwojowych ogólnie, czy też określonej grupy wad.

W województwie poznańskim monitorowano częstość występowania wad w formie Regionalnego Rejestru Wrodzonych Wad Rozwojowych obejmującego województwo poznańskie i częściowo zielonogórskie. Rejestr ten był prowadzony przez Katedrę i Zakład Genetyki Medycznej Akademii Medycznej w Poznaniu. Doświadczenia w prowadzeniu Rejestru Regionalnego, stały się podstawą opracowania projektu rejestru wad obejmującego znaczny obszar kraju i dużą populację, jakim jest Polski Rejestr Wrodzonych Wad Rozwojowych.

W 1998 roku PRWWR obejmował swoją działalnością obszar 25 województw Polski (według ówcześnie obowiązującego podziału administracyjnego kraju). W 1999 roku, zgodnie z nowym podziałem administracyjnym, działalnością zostało objętych 9 województw Polski: dolnośląskie, kujawsko-pomorskie, lubuskie, łódzkie, opolskie, pomorskie, wielkopolskie, warmińsko-mazurskie i zachodnio-pomorskie. W 2000 roku PRWWR poszerzono o województwo śląskie, w 2001 o dwa kolejne województwa: lubelskie i podkarpackie, a w 2003 o województwo mazowieckie. W 2005 roku Rejestrem objęto kolejne dwa województwa - podlaskie i świętokrzyskie. Od początku roku 2007, po włączeniu województwa małopolskiego, działalność Polskiego Rejestru Wrodzonych Wad Rozwojowych obejmuje całą Polskę.

W Europie, od 1979 roku działalność prowadzi EUROCAT - konsorcjum zrzeszające rejestry europejskie. Od 1. czerwca 2001 roku PRWWR jest członkiem EUROCAT.